El Estandarte de la institución será exhibido en todos los actos oficiales, fechas cívicas y cuando las autoridades estimaren conveniente.

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Tiene forma rectangular, seccionada diagonalmente en dos triángulos siendo el superior azul marino y el inferior blanco, con flecos dorados en su contorno.

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El AZUL significa lo infinito de la ciencia, la grandiosidad del espíritu y la inmortalidad de la obra fecunda que despliega el colegio con la juventud gualaquicence. 

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El BLANCO significa la pureza espiritual del estudiante que sediento del saber acude a forjarse en las aulas del Colegio.

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El dorado del fleco representa la alegría y el compañerismo de los educandos y maestros que juntos transitan por el camino de la ciencia.

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